El logotipo de la CEPaU está formado por cuatro elipses, dispuestas en forma de cruz, que se difuminan hacia el exterior.

El centro del logo es el símbolo de Cristo. El es la clave de la unidad del cielo y la tierra (Dios y el hombre), la fe y la razón (representadas aquí por las cuatro elipses).

La espiral áurea es un signo milenario de la ciencia y está en la base de muchas estructuras naturales. Es considerado en arte y arquitectura como ideal de la belleza por la proporcionalidad que genera en las distintas formas.

El despligue de la espiral va recorriendo las elipses cuyos colores corresponden a los tiempos del año litúrgico: ese ciclo cuya esencia es el Señorío de Cristo sobre el tiempo y que su Esposa -la Iglesia- hace suyo para santificar, con el tiempo, la existencia de los hombres.